A IPBES é semelhante a muitas organizações intergovernamentais. Está organizada em torno de uma estrutura algo complexa. Os dois elementos mais importantes são os seguintes:
- uma assembleia plenária. É constituída por representantes dos Estados-Membros e reúne-se uma vez por ano. É aqui que são tomadas as principais decisões e validado o trabalho da IPBES antes da sua publicação. Numa década, a IPBES convenceu e, portanto, cresceu: as suas sessões plenárias incluem agora cerca de 140 Estados (de 195 em todo o mundo), bem como muitos observadores da sociedade civil.
- um painel multidisciplinar de peritos (MEP). Esta é a verdadeira razão para a existência da IPBES: reunir o melhor da ciência para melhor compreender o estado da biodiversidade. Por uma questão de representatividade, a composição deste painel está muito bem definida: cada uma das cinco regiões da ONU envia cinco cientistas. São assim 25 no total. O seu trabalho? Supervisionar todas as funções técnicas e científicas da plataforma.
Como o seu nome sugere, a força deste painel é a sua natureza multidisciplinar. Também há: biólogos, botânicos, ecologistas, geógrafos, politólogos, economistas, agrónomos ou antropólogos. É de notar que este painel é apoiado por dezenas de outros cientistas que contribuem, numa base ad hoc, para as várias atividades da plataforma.